書き込むイメージデータのアップロード：

J-Link/Flasher本体をパソコンに接続してパソコンのスタートメニューから「J-Flash」プログラムを起動します。

「File → Open data file」コマンドでアプリケーション・データファイル（*.mot、*.srec、*.hex、*.bin、*.raw、*.elf）を開きます。

バイナリデータファイルの場合は、ダイアログボックスからベースアドレスを設定します。
例えば、内蔵フラッシュのベースアドレスが「0x08000000」の場合は、ダイアログボックスに「08000000」を入力します。

MOT/HEX/SREC/ELF式データファイルの場合はアドレス情報はイメージファイルに含まれていますのでロードアドレス設定は不要です。

「Edit → Relocate」コマンドでオフセットアドレスを指定してMOT/HEX/SREC/ELF式データイメージを別アドレスに移動可能です。

複数イメージデータのマージ：

J-Flashツールから以下の手順で複数イメージデータ（例えば、ブートローダとアプリケーションデータ）を一つのデータファイルにマージして1回の書き込みで済ませることも可能です。

1. 「File → Open data file」コマンドで1つ目のイメージデータをロードします。
2. 「File → Merge data file..」コマンドで追加するイメージデータをロードします。バイナリデータファイルの場合は、ダイアログボックスからベースアドレスを設定します。
3. 「File → Merge data file..」コマンドを繰り返して追加のイメージデータをロードします。
4. 「File → Save data file as..」コマンドでマージされましたイメージファイルを別名のMOT/SREC/HEX式ファイル（例：newdata.mot）として保存します。【Save data file asダイログのファイル種類を選択します】
   

HowTo参考情報：複数イメージを一つのデータファイルとして保存する方法

Production/Autoモード書き込み操作：

ターゲットボードに電源を入れて、J-Flashプロジェクトの「Target → Connect」コマンドでボード側のデバッグポート経由でマイコンデバイスに接続します。ログウインドウから接続結果内容を確認します。

ターゲットメニューから「Target → Production Programming」コマンドで、Erase → Program → Verifyを実行します。書き込み処理の結果はメッセージダイアログで表示されます。また、詳細はログウインドウに表示されます。

マニュアルモード個別コマンド操作：

ターゲットメニューの「Target → Manual Programming」下のコマンドで、Erase（Sector Erase又はChip Erase）、Program、Verify、データ読み取りは実行できます。コマンド処理の結果はメッセージダイアログで表示されます。また、詳細はログウインドウに表示されます。