J-Flashツールの「File→Merge data file..」コマンドで複数イメージ（ブートローダ、アプリケーション、データイメージなど）ファイルを1つのデータファイルにマージ可能です。

J-Flashツールを起動

J-Flashツールを起動して、「File→Open data file..」コマンドでブートローダーデータファイル（Bootloader.bin）ファイルを開きます。

アプリケーションファイルをマージ

「File→Merge data file..」コマンドでアプリケーションデータファイル（MainProgram.hex）ファイルを開きます。
※バイナリ式（*.bin）データファイルの場合はアドレス指定ダイアログからイメージ配置アドレスを設定します。

初期設定のデータファイルをマージ

続けて、「File→Merge data file..」コマンドでアプリケーションデータファイル（InitData.mot）ファイルを開きます。
※バイナリ式（*.bin）データファイルの場合はアドレス指定ダイアログからイメージ配置アドレスを設定します。

データファイルを保存

「File→Save data file as..」コマンドでマージされましたイメージファイルを別名のMOT・HEX・SREC式ファイル（例：FinalData.mot）として保存します。

新しいデータファイル（例：FinalData.mot）を使用してJ-Flashプロジェクトから1回の「Target→Production Programming」コマンドでブートローダー、アプリケーション及び初期設定データのフラッシュ書込みができます。