J-Flash.exeコマンドのBATファイル又はRS232/LAN接続でのASCIIコマンド制御で対応可能です。

J-Flash.exeツールを実行して制御：

C#、VB.NETアプリケーションプロセスからJ-Flashプロジェクトのコマンドライン又はコマンドラインを設定したBATコマンドを実行します。

PCインターフェース：USB、LAN

J-Flashツールのコマンドラインインターフェースの詳細・実装事例：
https://wiki.segger.com/UM08003_JFlash#Command_Line_Interface

スタンドアロンモードに設定したFlasherの制御：

C#、VB.NETアプリケーションからCOMポート（9600bps/B8/No-Parity/1-Stop bit）又はTELNETコンソールを開いてFlasherに接続します。ASCIIコマンドを実行してフラッシュ書き込み操作を制御します。

PCインターフェース：RS232、LAN

Remote Control ASCIIコマンドの詳細・仕様：
https://wiki.segger.com/UM08022_Flasher#ASCII_command_interface