はい。J-Flashプロジェクトの設定ダイアログ画面から設定可能です。

以下の2つの方法で対応可能です。

1. J-Flashプロジェクト設定ダイアログの「Production」タブの「Start application」項目を有効に設定しますと、書込み後に書込んだプログラムが実行されます。
   アプリケーションを起動する時のトリガー方法を「via SFR access」又は「via RESET pin」を選択してください。
   
2. J-Flashプロジェクト設定ダイアログの「MCU」タブ設定の「Exit Steps」に以下のように書込み後に実行するカスタムコマンドを設定します。
   
   例えば、以下のコマンドスクリプトで書込み完了後にアプリケーションを５秒間実行します。

     Reset
     Go
     Delay 5000ms
     Halt