一般的によくある原因は、FlasherのRESET信号がターゲットマイコンのリセットに接続されていないことです。

以下の点をご確認ください

1. FLASHER本体のデバッグポート（JTAG/SWD）コネクタのRESET（PIN15）信号はターゲットマイコンのリセット信号に接続されていますでしょうか？スタンドアロンモードでターゲットマイコンに接続する時にハードウエアリセットを掛けないとマイコンをリセット状態に止めることが出来ない場合がございます。
2. 一部のマイコンデバイス（Cortex-A、Cortex-RコアMCU）はスタンドアロンモード操作に対応しておりません。最新版のデバイス対応状況は以下URLの一覧からご確認ください。
   https://www.segger.com/downloads/supported-devices.php?model=flasher
   
3. 最新版のファームウエアには様々なバグ修正も含まれていますので、以下の手順で最新版のFlasherソフトウエア環境にてお試しください。
   1. 最新版のFlasherソフトウエアをダウンロードしてFlasher本体を最新バージョンのファームウエアに更新します。
      ダウンロードURL: https://www.segger.com/downloads/flasher/
      
   2. 対象マイコン環境用に新規のJ-Flashプロジェクトを作成します。古いバージョンのJ-Flashプロジェクトは使用しないでください。
   3. J-Flashツールからのフラッシュ書込み操作を確認して、改めて新しいJ-Flashプロジェクトでスタンドアロンモードを設定します。
   4. 本体のボタン又はRS232/TELNETコンソールからスタンドアロンモード書込み操作を確認します。
   
   ハードウエアバージョンが古いFlasher本体は、最新バージョンのファームウエアに更新できない場合があります。最新バージョンのJ-FlashでPC経由にて正常にフラッシュ書込みができる場合も、Flasher側のファームウエアに含まれていますフラッシュローダモジュールが古いバージョンですとスタンドアロンモードでの書込み操作に失敗するケースがあります。その場合は、最新ハードウエアモデルのFlasher本体をご検討ください。
4. Flasher本体上のボタンではなく、RS232/TELNETコンソールから「#AUTO」コマンドで書込み操作を行い、その結果（表示されるログ情報）からエラー内容を確認してください。
5. ターゲットデバイスにより、スタンドアロンモード書込みのConnect（接続）処理にマイコンデバイス依存分のPCodeスクリプト（Device.PEX）ファイルも必要です。「File→Save flasher config file...」コマンドでCFGファイルを保存する時に、同じフォルダにDevice.PEXファイルが保存されているサブフォルダ（プロジェクトと同じ名前）が作成されます。
   

       |ー SK144_PRJ.dat
       |ー SK144_PRJ.cfg
       |ー SK144_PRJ
             |ー Device.pex

   MSDモードでスタンドアロンモードが設定されている場合、マイコン接続及び初期化処理に必要とするPEXスクリプトファイルはFlasherディスクにコピーされていませんでしょうか？
   念のために、MSDモードではなくJ-Flashメニュー「File→Download config & data file to Flasher」コマンドですべてのデータファイルをFlasher本体にダウンロードしてスタンドアロンモード書込みをご確認ください。
6. アプリケーションイメージデータ関連の原因の可能性も考えられますので、実際のアプリケーションデータファイルではなくダミーデータのスタンドアロンモード書込みをお試しください。
   ※ J-Flashツールから「Target → Test → Generate test data」コマンドでダミーデータを作成可能です。